神諭局特工高云龍（阮頌揚飾）奉命穿越至明朝，一邊尋找失蹤的同伴曹小妹（陳嘉桓飾），一邊追查擾亂時空的神秘組織。為推進任務，他潛入東林書院，卻卷入書院與東廠的激烈紛爭。不久，書院成員接連遇害，案件迷霧重重、毫無線索。書院領袖葉敬卿（宋庭雋飾）毅然上奏朝廷，請旨徹查幕后黑手，直指東廠禍亂朝野。最終，一場關乎正邪的宏大對決落下帷幕，而高云龍選擇留在明朝繼續(xù)未竟的使命。此番傳奇經(jīng)歷，在電影《神諭通天》完整無刪減版中得以全景呈現(xiàn)。